In der permanenten Ausstellung im Palais Eskeles erleben die Besucher eine Zeitreise der jüdischen Geschichte der Stadt Wien von der Gegenwart zurück in die Vergangenheit. Thematisch umrissen wird der schwierige Weg einer vollkommen zerstörten jüdischen Gemeinde, die zuvor noch die größte deutschsprachige Gemeinde und die drittgrößte in Europa war.
Die Ausstellungswände im Obergeschoss wurden mit hydraulischen Hebesystemen versehen, sodass der Museumsraum in Kürze in einen Veranstaltungssaal verwandelt werden kann.